مهم ترین آثار امام رضا (ع) در ایام حیات پر برکتشان عبارتند از :

رسالهٔ ذهبیه

رسالهٔ ذَهَبیّه یا طِبُّ الرِّضا، رساله‌ای در طب و حفظِ سلامتی است که به‌دستورِ مأمون و به‌قلمِ علی بن موسی الرّضا نوشته شده‌است.این کتاب که رسالهٔ ذهبیّه نام گرفته، دربارهٔ پزشکی است و چون به‌دستورِ مأمون آن را با آبِ طلا نوشته‌اند، یکی از گران‌بهاترین رساله‌های پزشکی است.

در این رساله مطالبی دربارهٔ صَفْرای زرد، صفرای سیاه، بَلغَم و نقشِ تغذیهٔ درست و داروهای سنتی در درمان بیماری‌های مربوط به آنان آمده است.در سندیتِ این کتاب، ابهاماتی وجود دارد که اعتبارِ آن را موردِ تردید و خدشه قرار داده‌است؛ از جمله کسانی که به اعتبارِ این کتاب به دیدهٔ تردید نگریسته، محمدباقر مجلسی است.

صحیفة الرضا

صَحیفَةُ الرِّضا یا صحیفهٔ رَضَویّه، مجموعه‌ای از احادیثِ منتسب به علی بن موسی الرّضا است که به‌وسیلهٔ عبدلله بن احمد بن عامر روایت شده که او آن‌ها را از پدرش احمد و پدرش از علی بن موسی الرّضا در سال ۱۹۴ ه‍.ق در مدینه شنیده‌است.

این مجموعه شاملِ احادیثِ مختلف در موضوعاتی از قبیلِ نیایش به درگاهِ خداوند، اهمیتِ پنج وعدهٔ نماز و نمازِ مَیِّت، فضایلِ اهل بیتِ پیامبر، هر یک از اهل بیتِ پیامبر، تقویتِ روابطِ خویشاوندی، خطرِ تقلّب، غیبت و یاوه‌گویی و دیگر موضوعات به نگارش درآمده‌است.

عیون الاخبار الرضا

عُیُونُ اَخبارَ الرِّضا کتابی است که نویسندهٔ آن، اِبنِ بابِوَیْه، معروف به شیخ صدوق، هر چیزی را که دربارهٔ علی بن موسی الرّضا روایت شده، گردآوری کرده‌است.

مناظراتِ دینی و احادیثی که از علی بن موسی نقل شده، چراییِ انتخابِ نامِ وی، روایاتِ مربوط به درگذشت و معجزاتی که در حرمش واقع شده، از موضوعاتِ این کتاب است.در این کتاب، رساله‌های مختصری نیز از علی بن موسی نقل شده‌است.

فقه الرضا

فِقْهُ الرِّضا یا فِقهِ رَضَوی کتاب دیگری است که منتسب به علی بن موسی الرّضا است. این کتاب تا سدهٔ دهم هجری قمری و هنگامی‌که محمدباقر مجلسی آن را معتبر اعلام کرد، ناشناخته بود. بااین‌حال بیشترِ علمای شیعه در اعتبارِ این کتاب تردید دارند.